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在种植业，影响作物产量自然灾害有许多种，为了保障我国农业产量，保障人们的生活口粮，我国各个地区的农业部门对影响作物产量的自然灾害十分关注，都设定了农业应急指挥管理系统，用于快速解决农业灾害带来的影响，通过实时专家视屏会议快速制定解决方案，并快速周转调动相关物质
随着极端性气候及自然灾害的频发，每一次突发性自然灾害的光顾，都会造成农业生产难以预测的损失。如何加强对农业生产防灾减灾工作的应急管理，将损失降到最低限度，成为检验各级农业部门应对能力的“试金石”。应急处置涉及到多个部门、多个单位，彼此在建制、行政文化、管理等方面存在诸多差异。因此，搭建一个合理的指挥架构，以促成各部门/单位之间的高效协作是应急指挥中非常重要的环节。托普云农的农业应急指挥管理系统结合数字化语音通信、高压缩视频编码、3G/4G网络传输控制，在前端部署应急指挥终端，在指挥中心部署应急调度平台，实现了各单位、各部门、各个岗位人员的统一协调、统一指挥。
农业应急指挥管理系统是基于物联网建设的，通过与智慧农业生产基地各生产要素与网络的连接，构建智慧农业大数据分析和云计算平台，构建农业灾害预警与辅助决策系统，构建基于互联网的智慧农业生产管控与产品溯源系统。通过这一系统建设，能够有效增强对农业自然灾害和重大动物疫情、农产品质量安全、森林防火等突发事情的主动性，便于开展现代农业的智能化管理。
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